Si alguna vez os encontrais con el problema de que CKEditor no os guarda, u os borra las etiquetas de clases css, debéis saber que hay una solución. 

Lo vamos a ver con un ejemplo:

En la captura superior escribimos lo que queramos en modo texto.

En esta otra, mediante el apartado HTML, le asignamos una clase. Si al volver al modo normal, y otra vez al modo HTML vemos que la clase ha desaparecido, debemos editar un fichero llamado config.js, que se encuentra en el directorio de CKEditor.

 

Añadienlo la línea:

config.allowedContent = true;

el problema se habrá solucionado.